Khu Bảo tồn thiên nhiên Lung Ngọc Hoàng là đơn vị sự nghiệp có thu thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, tự trang trải một phần kinh phí hoạt động thường xuyên, có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng để hoạt động.
Khu Bảo tồn thiên nhiên Lung Ngọc Hoàng chịu sự chỉ đạo, quản lý về tổ chức, biên chế công tác của Ủy ban nhân dân tỉnh; đồng thời chịu sự chỉ đạo, kiểm tra, hướng dẫn chuyên môn nghiệp vụ của cơ quan quản lý nhà nước cùng cấp và cấp trên về ngành, lĩnh vực.
Khu Bảo tồn thiên nhiên Lung Ngọc Hoàng có nhiệm vụ và quyền hạn như sau:
* Bảo tồn những sinh cảnh tự nhiên tiêu biểu, độc đáo, sự đa dạng sinh học, nơi khu trú của các loài sinh vật bản địa của hệ sinh thái đất ngập nước vùng đồng bằng ngập nước phía Tây sông Hậu. Đồng thời góp phần bảo tồn các giá trị về văn hóa, lịch sử, nhân văn của vùng đồng bằng Nam Bộ.
* Sử dụng, khai thác hợp lý tài nguyên thiên nhiên và những tiềm năng của hệ sinh thái đất ngập nước phục vụ cuộc sống của nhân dân địa phương, góp phần xóa đói, giảm nghèo và thực hiện các chương trình phát triển kinh tế xã hội của tỉnh.
* Bảo vệ và phát triển động vật, thực vật rừng, duy trì sự cân bằng sinh thái và gia tăng độ che phủ rừng; đảm bảo an ninh môi trường và sự phát triển bền vững của tỉnh và khu vực.
* Xây dựng và triển khai thực hiện các phương án quản lý bảo vệ rừng, phòng cháy chữa cháy rừng vào mùa khô hàng năm.
* Lập dự án đối với các hoạt đônhj phát triển du lịch sinh thái và các hoạt động khác theo đúng quy định tại Quyết định số 186/2006/QĐ-TTg ngày 14/8/2006 của Thủ tướng Chính phủ và các quy định pháp luật hiện hành trình cấp có thẩm quyền thẩm định, phê duyệt để triển khai thực hiện. Quản lý, sử dụng nguồn vốn của trung ương và địa phương, triển khai đảm bảo đúng nội dung và tiến độ dự án được duyệt.
* Dự thảo các quyết định thành lập, sáp nhập, giải thể các đơn vị trực thuộc trình Ủy ban nhân dân tỉnh theo quy định của pháp luật. Tổ chức thực hiện các văn bản pháp luật, quy hoạch, kế hoạch sau khi được phê duyệt; thông tin, tuyên truyền, phổ biến, giáo dục pháp luật về phạm vị quản lý.
* Tổ chức nghiên cứu, ứng dụng tiến bộ khoa học kỹ thuậ; xây dựng hệ thống thông tin, lưu trữ phục vụ công tác quản lý nhà nước và chuyên môn nghiệp vụ được giao.
* Kiểm tra, thanh tra theo ngành, lĩnh vực được phân công phụ trách đối với tổ chức, cá nhântrong việc thực hiện các quy định của pháp luật; giải quyết khiếu nại, tố cáo, phòng, chống tham nhũng theo quy định của pháp luật hoặc phân công của Ủy ban nhân dân tỉnh.
* Quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Văn phòng, các phòng chuyên môn và Trung tâm Nông nghiệp Mùa Xuân. Sử dụng quản lý biên chế, thực hiện chế độ tiền lương và chính sách, chế độ đãi ngộ, đào tạo, bồi dưỡng, khen thưởng, kỷ luật đối với công chức, viên chức thuộc phạm vị quản lý theo quy định của pháp luật và phân cấp của Ủy ban nhân dân tỉnh.
* Quản lý tài chính, tài sản theo quy định của pháp luật và phân công của Ủy ban nhân dân tỉnh.
* Thực hiện các công tác thông tin, báo cáo định kỳ và đột xuất về tình hình thực hiện nhiệm vụ được giao theo quy định của Ủy ban nhân dân tỉnh và Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn. Lập các dự án phát triển Khu bảo tồn dài hạn, trung hạn, ngắn hạn trình Ủy ban nhân dân tỉnh phê duyệt.
* Ban hành các quy chế, quyđịnh, nội quy phục vụ cho việc lãnh đạo, quản lý, điều hành đơn vị.
* Được ký các hợp đồng khoán đất cho nông dân sản xuất nông nghiệp theo diện tíchđã khoán trước đay. Được giao dịch với ngân hàng ký hợp đồng bảo lãnh cho nông dân vay vốn sản xuất. Được vay vốn sản xuất theo đề án được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt.
* Thực hiện các nhiệm vụ khác theo quy định của pháp luật và do Ủy ban nhân dân tỉnh giao.